بعد از ماجراهای دیجیمون 2، اوضاع کم کم داره آروم میشه تا اینکه یه روز یک آیکون عجیب ولی آشنا در کامپیوترهای ژاپن شروع به نمایش میکنه...کمی بعد این آیکون به تمام موبایلها، کانال های تلویزیونی، بازی های کامپیوتری و هر چیزی که صفحه نمایش داشته باشه سرایت میکنه. این آیکون انگار به دنبال کسی میگرده. این افراد هم کسی نیستند جز یاگامی تایچی و ایشیدا یاماتو که سال ها قبل اونو شکست دادن. با برملا شدن هویت این دیجیمون که شبیه عروس دریاییه، همه میفهمن که این در حقیقت همون دیابلمون ویروسیه که در فیلم 2 شکست داده شده بوده. اما حالا اون یاد گرفته که به خودش فرم فیزیکی بده و داره هزاران نسخه از خودش در دنیای واقعی پخش میکنه.
کوشیرو و کِن تصمیم میگیرن که هر جور شده این ویروس رو ریشه کن کنند و برای این کار به تمام بچه های انتخاب شده گذشته و حال نیازه. اونها اوماگامون رو احیا میکنن اما آیا این کار میتونه جلوی این ویروس و هزاران نسخه اون رو بگیره؟