داستان میلیون ها سال بعد اتفاق می افته. محیط زیست زمین نابود شده و به جای درخت، قارچ های بزرگی رشد کرده اند که از خودشون سم منتشر میکنن و موجودات عجیبی توی این جنگل ها زندگی میکنن. مردم در دهکده های بسیار کوچکی در نزدیکی این جنگل ها زندگی میکنند
یکی از این دهکده ها، دهکده باد هست که تحت فرمان پادشاه و دختر پادشاه ناوسیکا، زندگی صلح آمیزی رو برای مردم به ارمغان میاره. اما این صلح به خاطر دخالت و ورود همسایه ها از بین میره و فقط ناوسیکا میتونه دهکده رو نجات بده